Pada jaman orde baru, setelah Soeharto menjadi presiden dan militer memegang peranan dalam kekuasaan, ia semakin aktif menulis di media massa seperti harian kami dan kompas mengenai kritik-kritik kepada pemerintahan yang menurutnya tidak jauh beda dengan pemerintahan pada jaman orde lama. Penuh dengan kolusi dan korupsi.
Tulisannya yang paling penting adalah tulisan mengenai pembunuhan secara besar-besaran di Bali terhadap massa pendukung PKI, termasuk pemerkosaan terhadap para wanita yang dianggap masuk gerwani (gerakan wanita indonesia-PKI). Menurutnya, konspirasi besar-besaran ini telah menewaskan lebih kurang delapan puluh ribu rakyat Bali, termasuk didalamnya wanita, anak-anak, dan para orang tua.
Soe Hok Gie akhirnya diberitakan meninggal di puncak gunung Semeru, oleh sahabatnya Denny kepada sahabat wanita sekaligus wanita yang pernah dicintai dan mungkin masih dicintainya, seperti terlihat dari kata-kata pada sebuah puisi terakhir yang dikirimkannya kepada Ira,
Ada orang yang menghabiskan waktunya berziarah ke mekkah
ada orang yang menghabiskan waktunya berjudi di miraza
tapi aku ingin habiskan waktuku di sisimu sayangku
bicara tentang anjing-anjing kita yang nakal dan lucu
atau tentang bunga-bunga yang manis di lembah mendala wangi...
ada serdadu-serdadu Amerika yang mati kena bom di danang
ada bayi-bayi yang mati lapar di Biafra
tapi aku ingin mati di sisimu manisku
setelah kita bosan hidup dan terus bertanya-tanya
tentang tujuan hidup yang tak satu setanpun tahu...
mari sini sayangku...
kalian yang pernah mesra, yang pernah baik dan simpati padaku
tegaklah ke langit luas atau awan mendung
kita tak pernah menanamkan apa-apa,
kita takkan pernah kehilangan apa-apa...
